工程研究中心为学校下属的独立二级机构，设主任1人、副主任3人、办公室主任3人，实行中心主任负责制。按照管理协调、技术研发、技术转化等功能，成立工程研究中心技术委员会、技术研发部和技术推广部等部门。架构见下图：

工程研究中心主任全面负责工程研究中心的建设工作；工程研究中心副主任领导工程研究中心办公室和各个职能部门，负责协调合作单位、中心各职能部门合作交流。